Wybuch wojny w 1939 r. zahamował rozwój młodej parafii. Ambitne plany założenia w kościele ogrzewania utknęły po zebraniu składki na ten cel. Tymczasem przyszły ostre zimy, szczególnie dotkliwe w 1940 i 1942 roku. Zdarzało się, że w czasie mszy św. wino zamarzało w kielichach. Wojna spowodowała zajęcie domów jezuickich w kraju, wysiedlenie księży i braci, którzy szukali przytułku w innych placówkach. W naszej parafii znalazł schronienie na czas okupacji profesor przyrody o. Lazarczyk i rektor Seminarium w Chyrowie (diec. Lwowska), o.Cisek oraz brat Józef Radwan, który był tu kucharzem a zarazem zakrystianinem.
Ojciec Łazarczyk niezmordowanie dyżurował w konfesjonale, a jako moralista i spowiednik doprowadził wielu ludzi do nawrócenia i pokuty. Ojciec Cisek zaś zasłynął jako doskonały kaznodzieja. Atmosfera ciągłego zagrożenia sprzyjała rozwojowi życia religijnego parafian, toteż działania duszpasterskie przynosiły wielkie owoce. Dramatyczne chwile przeżyli ojcowie w czasie rewizji na plebanii. Niemieccy koloniści, zamieszkujący niemal całą ulicę Grunwaldzką, zwaną wówczas Dąbrówką Niemiecką, zadenuncjowali ks. proboszcza Józefa Burego.
Gestapo przetrząsnęło cały dom w poszukiwaniu radia nadawczego. Tymczasem o. Bury miał radioodbiornik. Niemcy chodzili wokół kryjówki, niemalże deptali po niej, a ks. proboszcz stał obok blady jak papier. Modlił się przez cały czas do Matki Bożej Kochawińskiej i może właśnie to sprawiło, że Niemcy niczego nie znaleźli. Tym samym proboszcz uniknął pewnej śmierci, która groziła za posiadanie radia. Bolesną chwilą dla parafii była konfiskata pięknych dzwonów wraz z pamiątkowym, odlanym na cześć cesarzowej Elżbiety. Wielkim echem odbiła się w całym miasteczku tragedia, która wydarzyła się w Biegonicach. Niemcy rozstrzelali 40 zakładników, najznamienitszych mieszkańców Nowego Sącza oraz dwóch księży wikariuszy z fary.
Śmierć księdza proboszcza
W 1942 roku wybuchła w Nowym Sączu epidemia tyfusu, która pochłonęła wiele ofiar. Dziennie odprawiano nieraz po cztery pogrzeby. Na tę chorobę zapadł również ks. proboszcz Józef Bury. Pojechał do Tarnowa, gdzie głosił rekolekcje dla S. S. Felicjanek i stamtąd wrócił chory. Pomimo wycieńczenia odprawiał Mszę św. i modlił się przed Najświętszym Sakramentem. Po jakimś czasie organizm przezwyciężył tyfus, ale wywiązało się zapalenie gruczołów ślinowych. Konsylium lekarskie zaleciło operację.
grobowiec zakonny
Niestety o. Bury zmarł po zabiegu, 20 września 1942 r. roku, w niedzielę o szóstej rano. Gdy zakomunikowano o tym parafianom obecnym na mszy św. „jeden jęk przeszedł przez cały kościół” – jak podaje kronika parafialna. Pogrzeb ks. proboszcza był wielką manifestacją religijną. Zgromadził tłumy wiernych. Nabożeństwo prowadził ks. infułat Roman Mazur w asyście ks. teologów z kolegium jezuickiego.
W ceremonii pogrzebowej oprócz kleryków i księży z okolicznych miejscowości wziął również udział ksiądz obrządku greckiego z Nowego Sącza. Piękne fotografie z pogrzebu wykonał niejaki Scheibal, który wkrótce po tym został aresztowany przez gestapo i zginął w obozie. Po śmierci księdza Burego Niemcy wydali nakaz zamknięcia kościoła z powodu szerzącego się rzekomo tyfusu. Był to kolejny cios dla parafian. Ludzie przychodzili w niedzielę pod zamknięty na głucho kościół, otaczali bramy i tam się modlili.
Były to prawdziwie dramatyczne chwile, gdy pozbawionemu wolności, gnębionemu narodowi zabroniono jeszcze pociechy religijnej i czerpania z mocy Bożej. Rodzinom nie wolno było brać udziału w nabożeństwie żałobnym za ojca czy brata zastrzelonego przez Niemców lub zamęczonego w obozie.