Zniszczenia wojenne
Nowym proboszczem po śmierci ks. Burego został o. Stanisław Cisek. Znał on dobrze Nowy Sącz, bo spędził tu większość swojego życia zakonnego. Był prowincjałem, rektorem i profesorem kolegium. Proboszczem nigdy dotąd nie był, dlatego sprowadził nowego pomocnika, dawnego proboszcza z Kochawiny o. Władysława Ochęduszkę, który poprowadził kancelarię parafialną.
Po zakończeniu wojny o.Cisek zajął się naprawami zniszczeń po przejściu frontu. W kościele roztrzaskany był cały dach i wszystkie witraże. Na plebani, podobnie jak w kościele, nie pozostało ani jedno całe okno. W mieście najbardziej poszukiwanym towarem były szyby i wszelkie materiały budowlane. Z wielką ofiarnością pospieszyli na pomoc swemu proboszczowi parafianie. Sami przynosili z trudem zdobytą dachówkę i szyby, mimo że nieraz okna w ich własnych domach zabite były dyktą.
Wszędzie panowała bieda, a ludzie oddawali niemal ostatni grosz na remont podjął się odnowienia wnętrza kościoła, bardzo już zniszczonego i brudnego. Zakupił motor do organów. Dał do zrobienia nowe ławki i zainstalował dwa prowizoryczne ołtarze boczne – św. Teresy i św. Krzyża. Zorganizował na nowo Sodalicje Mariańskie, Apostolstwo Modlitwy a także Caritas, który objął opieką wysiedleńców, uciekinierów i ofiary wojny.
W parafii ruszył też teatr, w którym grano jasełka. Bractwo Trzeźwościowe podjęło na wielką skalę walkę ze skutkami akcji rozpijania Polaków prowadzonej przez okupantów.
Obraz św. Elżbiety
Gdy rząd austriacki wybudował dla kolejarzy kościół, obraz św. Elżbiety umieszczono w głównym ołtarzu. Jego autorem był artysta malarz Włodzimierz Dunajewski urodzony w 1869 roku w Rosji w guberni kijowskiej. Studiował malarstwo w Odessie, Monachium i Krakowie. Obraz św. Elżbiety Węgierskiej powstał zapewne z okazji jubileuszu 50 lecia panowania cesarza Franciszka Józefa, bowiem św. Elżbieta była patronką cesarzowej.
Z chwilą utworzenia parafii pod wezwaniem Najświętszego Serca Pana Jezusa w 1937 roku, św. Elżbieta została drugorzędną patronką kościoła, a jej obraz usunięto z głównego ołtarza. Ojciec Bury, pierwszy proboszcz, zamówił w Krakowie wizerunek Serca Pana Jezusa, który zajął centralne miejsce w kościele. Obraz św. Elżbiety z biegiem czasu został poważnie zniszczony, sądzono, że nie uda się przywrócić oryginału do pierwotnego stanu i odłożono go do lamusa, gdzie poszedł w zapomnienie. Jego miejsce zajęła kopia.
W 1954 r. syn Włodzimierza Dunajewskiego, Stanisław, zainteresował się obrazem św. Elżbiety. Chciał odzyskać oryginał jako pamiątkę po ojcu, a także po matce, która pozowała do obrazu. Po odnowieniu przez artystę malarza Słoneckiego za cenę 8000 zł wizerunek św. Elżbiety został ponownie poświęcony przez znanego misjonarza O.Szymona Jarosza z Krakowa.
Wielu parafian pamięta zapewne uroczyste odsłonięcie obrazu przy dźwiękach trąb. Dzieci witały patronkę swojego kościoła rzucając kwiaty. Różnokolorowe wstęgi trzymane przez ojców chrzestnych i matki chrzestne sięgały od obrazu aż po główne drzwi. Symbolizowały one łaski jakimi Święta będzie obsypywała swoich czcicieli.
Uroczystość uświetnił występ chóru, a płomienne kazanie wygłosił ojciec Jarosz. Był to pierwszy odpust na dzień św. Elżbiety w naszym kościele.