Ministerstwo Kolei powierzyło budowę kaplicy szkolnej krakowskiemu oddziałowi. Jego dyrektor posiadał zmysł artystyczny i pragnął ozdobić Kolonie pięknej budowla. Niestety, nie miał wyobrażenia o potrzebach funkcjonalnych kościoła. Ks. St. Załęski, superior jezuickiego domu w Nowym Sączu, stanowczo radził wybudować znacznie większa szkołę i kościół na co najmniej półtora tysiąca ludzi. Jednakże jego opinii nie wzięto pod uwagę. Budowy kościółka, wg projektu krakowskiego architekta Talowskiego, prowadził inżynier kolejowy Schleicher.

Ponieważ fundusze rządowe były ograniczone, wzniesiono piękna budowlę, ale kosztem ograniczenia jej rozmiarów. W 1899 r. ks. infułat Alojzy Góralik, proboszcz nowosądecki, dokonał poświęcenia kościółka pw. św. Elżbiety i odprawił w nim pierwszą mszę św.

  Kaplica była na zewnątrz prawdziwa perełka architektury. Strzelista wieża zakończona oryginalna latarnia spoczywała na czworobocznej, smukłej piramidzie. Kamienny krucyfiks, autorstwa rzeźbiarza krakowskiego St. Wójcika, zdobił frontowa ścianę wieży. Misternej roboty kamienna rozeta poniżej krzyża podkreślała romańsko-gotycki styl budowli.

Piękna na zewnątrz kaplica była brzydka w środku. Gołe, pozbawione ozdób ściany pokrywała żółta farba. Posadzka ze sztaingutu położona była w czarno-białą szachownicę. Jedyną ozdobą kościółka był ołtarz ujęty w piękne gotyckie ramy wykonane w drewnie. Jego nadbudowę tworzył obraz św. Elżbiety rozdającej jałmużnę. Poza tym wewnątrz kaplica była pusta. Nie było w niej nic. Nawet zakrystia nie została zaopatrzona w naczynia i szaty liturgiczne..

Już pierwsze nabożeństwo odprawione w dniu poświęcenia pokazało, że kaplica jest stanowczo za mała. Trzysta osób obecnych na uroczystości praktycznie ja wypełniło. A przecież samych dzieci było w Kolonii około tysiąca. Stało się jasne, że kaplicę szkolną należy rozbudować. Podjął się tego dzieła o. Tomaka. późniejszy misjonarz wśród Murzynów w Rodezji. Taktem i wrodzonym sprytem umiał sobie zjednać kolejarzy, którzy chętnie dawali ofiary i bezinteresownie pracowali.

Kronikarz parafialny wyróżnił i wymienił z nazwiska najofiarniejszych pracowników: pana Pawlikowskiego z ul. Grodzkiej, pana Kmiecia z ul. Reja oraz pp. Glenia i Nawrockiego, którzy bezpłatnie wykonali prace stolarskie. Pan Zając, mieszkający przy ul. Spiskiej, namawiał dwóch mężczyzn, żeby pomogli przy kościele. Tamci zaczęli się śmiać i kpić z głupich pracujących. Niezadługo obydwu sparaliżowało i życie skończyli. Wszyscy to uznali za palec Boży.